Logistický audit vychází ze základního konceptu rozlišení tzv. primárních a sekundárních funkcí firmy. Funkce primární jsou NÁKUP – VÝROBA (resp. PRODUKCE) – PRODEJ. Přes tyto funkce je realizován materiálový tok. Mezi sekundární funkce patří především finance, informace, technologie,kvalifikace, kvalita a vlastní logistika.